یکی از کارهای مهم و اساسی او از همان روزهای اول، ایجاد هماهنگی بین ارتش، سپاه و نیروهای داوطلب مردمی بود که در منطقه حضور داشتند. بازده این حرکت و شیوة جنگ مردمی و هماهنگی کامل بین نیروهای موجود، تاکتیک تقریباً جدید جنگی بود؛ چیزی که ابرقدرت‏ها قبلاً فکر آن را نکرده بودند. متأسفانه این هماهنگی در خرمشهر بوجود نیامد و نیروهای مردمی تنها ماندند. او تصمیم داشت به خرمشهر نیز برود، ولی به علت عدم وجود فرماندهی مشخص در آنجا و خطر سقوط جدی اهواز، موفق نشد ولی چندین‏بار نیروهایی بین دویست تا یک‏هزار نفر را سازماندهی کرده و به خرمشهر فرستاد و آنان به کمک دیگر برادران مقاوم خود توانستند در جنگی نابرابر مقابل حملات پیاپی دشمن تا مدت‏ها مقاومت کنند.

محرم ماه شهادت و پیروزی سوسنگرد:

پس از یأس دشمن از تسخیر اهواز، صدام سخت به فتح سوسنگرد دل‏بسته بود تا رویای قادسیه را تکمیل کند و برای دومین‏بار به آن شهر مظلوم حمله کرد و سه روز تانک‏های او شهر را در محاصره گرفتند و روز سوم تعدادی از آنان توانستند به داخل شهر راه یابند.

دکتر چمران که از محاصره تعدادی از یاران و رزمندگان شجاع خود در آن شهر سخت برآشفته بود، ‌با فشار و تلاش فراوان خود و آیت‏ الله خامنه‏ای، ارتش را آماده ساخت که برای اولین‏ بار دست به یک حمله خطرناک و حماسه‏‏آفرین نابرابر بزند و خود نیز نیروهای مردمی و سپاه پاسداران را در کنار ارتش سازماندهی کرد و با نظمی نو و شیوه‏ای جدید از جانب جادة اهواز- سوسنگرد به دشمن یورش بردند.

شهیدچمران پیشاپیش یارانش، به شوق کمک و دیدار برادران محاصره شده در سوسنگرد، به سوی این شهر می‏ شتافت که در محاصرة تانک‏های دشمن قرار گرفت. او سایر رزمندگان را به سوی دیگری فرستاد تا نجات یابند و خود را به حلقة‌ محاصرة دشمن انداخت؛ چون آنجا خطر بیشتر بود و او همیشه به دامان خطر فرو می‏ رفت.

در این هنگام بود که نبرد سختی درگرفت؛ نیروهای کماندوی دشمن از پشت تانک‏ها به او حمله کردند و او همچون شیری در میدان، در مصاف با دشمن متجاوز از نقطه‏ای به نقطه‏ای دیگر و از سنگری به سنگری دیگر می‏رفت. کماندوهای دشمن او را زیر رگبار گلولة خود گرفته بودند، تانک‏ها به سوی او تیراندازی می‏ کردند و او شجاعانه بدون هراس از انبوه دشمن و آتش شدید آنها سریع، چابک، برافروخته و شادان از شوق شهادت در رکاب حسین(ع) و در راه حسین(ع).

در روز قبل از تاسوعا، به آتش آنها پاسخ گفته و هر لحظه سنگر خود را تغییر می‏داد. در همین اثناء، هم‏رزم باوفایش به شهادت رسید و او یک‏تنه به نبرد حسین‏گونه خود ادامه می‏داد و به سوی دشمن حمله می‏برد. هرچه تنور جنگ گرم‏تر کی‏شد و آتش حمله بیشتر زبانه می‏کشید، چهرة ملکوتی او، این مرد راستین خدا و سرباز حسین(ع)، گلگون‏تر وشوق به شهادتش افزون‏تر می‏شد تا آنکه در حین «رقص چنین میانه میدان» از دو قسمت پای چپ زخمی شد. خون گرم او با خاک کربلای خوزستان درهم آمیخت و نقشی زیبا از شجاعت و عشق به شهادت و تلاش خالصانه در راه خدا آفرید و هنوز هم گرمی قطرات خون او گرمی‏بخش رزمندگان باوفای اسلام و سرخی خونش الهام‏بخش پیروزی نهایی و بزرگ آنان است.

با پای زخمی بر یک کامیون عراقی حمله برد. سربازان صدام از یورش این شیر میدان گریخته و او به کمک جوان چابک دیگری که خود را به مهلکه رسانده بود، به داخل کامیون نشست و با لبانی متبسم، دیگران را نوید پیروزی می‏داد.

خبر زخمی شدن سردار پرافتخار اسلام، در نزدیکی دروازة سوسنگرد، شور و هیجانی آمیخته با خشم و اراده و شجاعت در یاران او و سایر رزمندگان افکند که بی‏محابا به پیش تاختند و شهر قهرمان و مظلوم سوسنگرد و جان چند صد تن رزمندة مؤمن را از چنگال صدامیان نجات بخشیدند.

دکتر چمران با همان کامیونی که خود را به بیمارستانی در اهواز رسانید و بستری شد، اما بیش از یک شب در بیمارستان نماند و بعد از آن به مقر ستاد جنگ‏های نامنظم و دوباره با پای زخمی و دردمند به ارشاد یاران وفادار خود پرداخت. جالب اینجا بود که در همان شبی که در بیمارستان بستری بود، جلسة مشورتی فرماندهان نظامی (تیمسار شهیدفلاحی، فرماندة لشگر 92، شهید کلاهدوز، مسئولین سپاه و سرهنگ محمد سلیمی که رئیس ستاد او بود)، استاندار خوزستان و نمایندة امام در سپاه پاسداران (شهیدمحلاتی) در کنار تخت او در بیمارستان تشکیل شد و درهمان حال و همان شب، پیشنهاد حمله به ارتفاعات الله‏کبر را مطرح کرد.

آغاز حرکت مجدد:

به رغم اصرار و پیشنهاد مسئولین و دوستانش، حاضر به ترک اهواز و ستاد جنگ‏های نامنظم و حرکت به تهران برای معالجه نشد و تمام مدت را در همان ستاد گذراند، در حالی که در کنار بسترش و در مقابلش نقشه‏ های نظامی منطقه، مقدار پیشروی دشمن و حرکت نیروهای خودی نصب شده بود و او که قدرت و یارای به جبهه رفتن نداشت، دائماً به آنها می‏نگریست و مرتب طرح‏های جالب و پیشنهادات سازنده در زمینه‏ های مختلف نظامی، مهندسی و حتی فرهنگی ارائه می‏داد. کم‏کم زخم‏های پای او التیام می‏یافت و او دیگر نمی‏توانست سکون را تحمل کند و با چوب زیربغل به پا خاست و بازهم آمادة رفتن به جبهه شد.

به دنبال نبرد بیست و هشتم صفر (پانزدهم دی‏ماه 59) که منجر به شکست قسمتی از نیروهای ماشد و فاجعة هویزه به بار آمد، دیگر تاب نشستن نیاورد، تعدادی از رزمندگان شجاع و جان بر کف را از جبهه فرسیه انتخاب کرد و با چند هلیکوپتر که خود فرماندهی آنها را بر عهده داشت، با همان چوب زیربغل دست به عملی بی‏سابقه و انتحاری زد. او در حالی که از درد جنگ به خود می ‏پیچید و از ناراحتی می‏خروشید، آمادة حمله به نیروهای پشت جبهه و تدارکاتی دشمن در جاده جفیر به طلایه شد که به خاطر آتش شدید دشمن، هلیکوپترها نتوانستند از سد آتش آنها از منطقه هویزه بگذرند و حملة هوایی دشمن هلیکوپترها را مجبور به بازگشت ساخت که وی از این بازگشت سخت ناراحت و عصبانی بود.

دیدار امام امت:

بالاخره در اسفند ماه 59 چوب زیربغل را نیز کنار گذاشت و با کمی ناراحتی راه می‏رفت و همراه با هم‏رزمانش از یکایک جبهه‏های نبرد در اهواز دیدن کرد.

پس از زخمی شدن، ‌اولین‏بار، برای دیدار با امام امت و عرض گزارش عازم تهران شد. به حضور امام رسید و حوادثی را که اتفاق افتاده بود و شرح مختصر عملیات و پیشنهادات خود را ارائه داد. امام امت(ره) پدرانه و با ملاطفت خاصی به سخنانش گوش می‏داد، او و همة رزمندگان را دعا می‏کرد و رهنمودهای لازم را ارائه می‏داد.

دکتر چمران از سکون و عدم تحرکی که در جبهه‏ها وجود داشت دائماً رنج می‏برد و تلاش می‏کرد که با ارائه پیشنهادات و برنامه‏های ابتکاری حرکتی بوجود آورد و اغلب این حرکت‏ها را توسط رزمندگان شجاع و جان‏برکف ستاد نیز عملی می‏ساخت. او اصرار داشت که هرچه زودتر به تپه‏های الله‏اکبر و سپس به بستان حمله شود و خود را به تنگ چزابه که نزدیکی مرز است، رسانده تا ارتباط شمالی و جنوبی نیروهای عراقی و مرز پیوسته آنان قطع شود. بالاخره در سی‏ویکم اردیبهشت ماه سال شصت، با یک حملة‌ هماهنگ و برق‏آسا، ارتفاعات الله‏اکبر فتح شد که پس از پیروزی سوسنگرد بزرگترین پیروزی تا آن زمان بود.

شهید چمران به همراه رزمندگان شجاع اسلام در زمرة اولین کسانی بود که پای به ارتفاعات الله‏اکبر گذاشت؛ درحالی که دشمن زبون هنوز در نقاطی مقاومت می‏کرد. او و فرماندة شجاعش ایرج رستمی، دو روز بعد، با تعدادی از جان برکفان و یاران خود توانستند با فداکاری و قدرت تمام تپه‏های شحیطیه (شاهسوند) را به تصرف درآوردند، درحالی که دیگران در هاله‏ای از ناباوری به این اقدام جسورانه می‏ نگریستند.